Ab 1500 v. u. Z. waren die dominierenden Großmächte am östlichen Mittelmeer die Ägypter, die Hethiter, die Assyrer und Babylonier in Mesopotamien und die Minoer auf Kreta, die 1400 v. u. Z. von den Mykenern, den Helden Homers, im Westen des gesamten östlichen Mittelmeerraumes abgelöst wurden. Troja war dagegen der westlichste Vorposten Anatoliens und kontrollierte mit den Dardanellen die Verbindung zwischen dem Mittelmeer und dem Schwarzen Meer, also den Seeweg von Europa nach Zentralasien. Diese Lage war der Schlüssel für Trojas Reichtum und der Grund für die Angriffe auf die Stadt.
Verantwortlich für die hervorragende Präsentation dieser Geschichte sind der Direktor des Troja-Museums, Ali Atmaca, und der derzeitige Chefausgräber in Troja, Rüstem Aslan. Troja ist ja die deutsche archäologische Grabung überhaupt. Von 1871 bis 1890 grub hier Schliemann, ab 1894 bis 1924 sein früherer Mitarbeiter Wilhelm Dörpfeld. Von 1932 bis 1938 hatte der Amerikaner Carl Blegen ein kurzes Intermezzo in Troja, ab 1988 übernahm wieder ein deutscher Archäologe, Manfred Korfmann.Als Korfmann 2005 überraschend starb, setzte die Uni Tübingen die Grabungen noch einige Jahre fort. Ab 2013 übernahm dann erstmals ein türkischer Archäologe, Rüstem Aslan, die Verantwortung. Doch die Kontinuität ist gesichert. Aslan ist ein Schüler Korfmanns und hat lange mit diesem in Troja zusammengearbeitet. Ursprünglich war das Museum eine Idee Korfmanns, der davon träumte, alle Troja-Funde direkt an der Grabungsstätte präsentieren zu können.„ist das Troja-Museum viel größer geworden, als Korfmann es sich je vorgestellt hat“. In gewisser Weise hat das Museum eine ähnliche Funktion wie das ebenfalls erst vor zehn Jahren neu eröffnete Akropolis Museum in Athen. Es soll demonstrieren, dass nun die räumlichen und wissenschaftlichen Voraussetzungen geschaffen sind, um alle Artefakte aus Troja an Ort und Stelle angemessen präsentieren zu können.
Allerdings: So wie das Akropolis-Museum erst vollständig wäre, wenn die Teile des Tempelfrieses, die heute noch im Britischen Museum ausgestellt werden, wieder nach Athen zurückgekehrt sind, leidet auch das Troja-Museum daran, dass viele Funde in deutschen, russischen und amerikanischen Museen landeten. „Natürlich hätten wir diese Stücke gerne zurück“, sagt Direktor Ali Atmaca, aber er weiß, dass die Chancen dafür gering sind. Sich mit Nachbildungen zu behelfen, lehnt Rüstem Aslan dennoch ab: „Auf der Grabungsstätte ist jeder einzelne Stein original, und auch ins Museum kommen nur Originale. Wenn man Repliken aufstellt, signalisiert man ja, dass man mit Repliken zufrieden ist“.
Aslan hat in Deutschland schon einmal informell angefragt, ob vielleicht eine Leihgabe für begrenzte Zeit möglich wäre, er ist aber auf Ablehnung gestoßen.